キャラ別に考える。なお、ユキを撃破したのもさくらということにする。

＜さくら＞
　本編ではユキを消滅させ、コアこそ傷つけなかったものの沙羅も消滅させる。SEQUELでは真夜を止め、連れて帰る。
　それから数年、新ブランドプリマベーラの設計主任となり沙羅の復活に成功する。

＞コアは傷ついてない……。まだ大丈夫だ……。真悠！　沙羅のコアのイメージとダンプを回収しろ！　早く！　消えてしまう前に！

　西條6-C、沙羅撃破後の悠莉の台詞。さくらも同様のことをしたものとみて間違いない。

＞ゴメン……ゴメンね、ユキ。今の私じゃ直せないの……ゴメンね……。

　最強のAHである沙羅のコアを傷つけずに撃破することが出来るのだからユキに対しても同じことが出来て然るべきなのだが、あまりに突然だったためそこまで頭が回らなかったのだろう。

＜慎也＞
　本編は（沙羅戦で？）怪我をしたため途中下車。SEQUELではさくらと共に真夜を止め、連れて帰る。
　その後はさくら、真夜その他大勢と共にAHCの研究を続けているようである。

＜西條姉妹＞
　どこまで侵入出来たと考えるかによって多少変わってくるのだが、本編では真夜に追い払われたものとする。当然、本編において光紗とその関係者が消滅したことを知る術は無い。
　そのため、プリマベーラの披露が為される数年後まではハッカーとしてIllnetの裏側を飛び回っているはずである。さくらによる沙羅の披露は2人にとって相当な驚きであるはず。その場面と直後に訪れるであろう邂逅を想像すると面白い。

＜マイハ＞
　やはり本編では真夜に追い払われたものとする。そのため、マイハのクローンからナノマシンを回収出来ていない。

＞ある日のこと、ツバサとマイハの会話が、通常のコンピュータネットワーク上でも観測できるようになった。

　マイハAエンドより。このルートではマイハのナノマシンは回収出来ていないのだが、それでもマイハが徐々にツバサからIllnetへと移行し始めているようである（肉体と精神参照のこと）。
　もしかしたら数年の後にはCエンドと同じ状態になるのかもしれない（このままの状態を維持し続ける可能性も十分なのだが）。
　ナノマシンが回収出来ていない以上、SEQUEL冒頭よりさらに良くない状態になるのは想像に難くない。

＜ツバサ＞
　本編ではマイハと共に真夜に追い払われる。基本的に被験者として過ごす以外の選択肢が存在しないため、マイハの状態に関わらず彼女の未来は決まりきっている。

＜ミア＆シェリー＞
　本編で機能を停止させられるも、大したダメージは無いため程無くして復帰。

　正史では沙羅を撃破するのはさくら。つまり羽板兄妹の軌跡こそが事実であり、西條姉妹とホシミ姉妹のそれは存在し得ないIFである。だが彼女たちも動いていたこと自体は間違いない。
　この考察では西條およびホシミ姉妹は真夜に追い返されることになっているので、羽板兄妹と対峙する真夜が（少なくとも見た目には）無傷であることに何ら問題は無い。
　またウィルスとワームは大量にいるので少々撃破したところで問題は無いだろう。
　が、ミアとシェリーはそういう訳にはいかないのである。
　既に西條姉妹（およびホシミ姉妹）に撃破されて機能を停止しているはずの彼女たちがホシミ姉妹（および羽板兄妹）と相対することが出来る筈がない。
　出来る筈がないと言ったところで相対しているのは間違いなく、つまり何らかの事情がある訳で。

　考えられる事情その1、数十分で治癒。

＞さて、そいつが目を覚まさないうちに行くぞ。

　西條1、侵食率50％以下かつ真悠の使用率が高い状態でミアを撃破した後の悠莉の台詞。
　少々無理がある気がするが、この台詞を見る限り何とかなりそうである。さすがに全快は難しいだろうが。
　ちなみに姉の使用率が高いと重傷を負わせる（ミアはマイハの使用率が高くても問題ない）他、侵食率を上げすぎると破壊してしまうがその辺もIFということにしている。

　事情その2、実はミア、シェリーはたくさんいる。

＞だが、さっきのミアやシェリーは、それに反した行動をとっているわけだ。

　西條3、冒頭の悠莉の台詞。
　ほぼ間違いなく初対面であるのに、何故シェリーという名前を悠莉が知っているのだろう。
　考えられるのはシェリーのプログラムを解析して名前を拾い出したか、彼女のような外見の警備員が総じてシェリーと呼ばれるかのどちらか。
　前者は問題なく出来るはず。さすがにホシミ姉妹のように一瞬とはいかないだろうが。
　後者は可能性としてはあり得る話。警備員はたくさんいて然るべきである。数が増えてくると名前を付けるのも面倒になるのかも。
　ミアにしても、全世界（Illnetがどの程度普及しているかは分からないが）のログインユーザを1人（1箇所）で全て捌いているとは少々考えにくい。認証のための経路がいくつかあって、その全てにミアがいるのかもしれない。
　正直なところあまり考えたくないケースである。

＜真夜＞
　本編で西條姉妹、ホシミ姉妹を追い返した後に羽板兄妹に敗れ、GenesisCity崩壊の余波に巻き込まれて暴走。SEQUELにて再び羽板兄妹に敗れ、研究所に連れ帰られて改造治療される。
　その後は、貴重な沙羅サイドのAHとして馬車馬のように働かされ研究の手伝いをしていくことに。
　慎也との仲は不明。慎也が相当頑張らないと釣り合わない気がする……。

　SEQUELはどの双子も本編Cルートを経験してきたことが前提になるため、羽板兄妹以外は出動自体がIFになる。

＜アルト＆アイギス＞
　本編で羽板兄妹に機能停止に追い込まれ、その後GenesisCity崩壊に巻き込まれる。
　事実として記されているのはここまでであり、死んだという記述はどこにもない。
　が、無事と考えるのは御伽噺レベル。万が一生きていれば、西條姉妹と同じく復活した沙羅の下に必ず現れるだろう。

＜ユキ＞
　本編でさくらに倒される。連れ帰って治療しようと考えてもらえなかったのは運が無かったと思うしか。

＜光紗＞
　本編でGenesisCity崩壊に巻き込まれる。かどうかは不明だが、どちらにしろ保たないのは間違いない。
　彼女も沙羅と同じかそれ以上に強大な権限（と能力）を持っているはずなのに、裏の世界では暗躍していた西條姉妹と1度も会えなかったのは体の維持に精一杯であったためだろう。沙羅の言動を見るに、光紗を囲っていたとはとても考えられない。

＜マイハのクローン＞
　本編でGenesisCity崩壊に巻き込まれる。かどうかは不明。羽板兄妹とエンカウントしないので無傷なため、もしかしたら脱出したかもしれない。
　が、

＞わたしのマスターは――――お前たちの排除以外を望んでいない！　一緒に死んでもらうわ！
＞わたしはマスターのためにこの身体を奉げている。オリジナルだろうと何だろうと、マスターの敵は排除するだけ。

　それぞれ、各双子6-Aのマイハのクローン撃破後、ホシミ6-Cのマイハのクローンとの戦闘前の台詞。
　アルトやアイギスと比べて沙羅への忠誠心が異常に高く、沙羅が消滅した時点で後を追う可能性も。

＜沙羅＞
　本編でさくらに倒され、後に復活する。
　のだが、研究所に連れ帰られて治療された真夜と違い、さくらの項で述べた通り彼女は本編で完全に消滅している。
　AHCのバグを治療され、消滅前に回収されたイメージとダンプ（ファイルやメモリの内容を記録すること。ここでは記録されたモノを指す）によって生み出された沙羅は本編での彼女とは別人で、いわばクローンにあたる。
　記憶に関してどこまで復元出来る（あるいはする）かにもよるが、少なくともバニシングゴーストの記憶は残っていないだろう。その方が彼女のため。